Fundada em 1994 por Amalio Aragón juntamente com seus filhos, as origens remontam a 1970, quando o pai começou a adquirir pequenos terrenos vizinhos. Foi nomeada de Cillar de Silos em homenagem ao monge que historicamente estava no comando da intendência no Mosteiro de Silos.
Cillar de Silos tem uma vinícola subterrânea que data do final do século XVII, onde são produzidos Cillar de Silos Crianza, Tempranillo, Rosado de Silos Torre de Silo, Flor de Silos ou Cillar Blanco.