Fundada en 1994 por Amalio Aragón junto a sus hijos, los orígenes se remontan a 1970 cuando el padre comienza a adquirir pequeñas parcelas vecinas. Se la llamó Cillar de Silos en homenaje al monje que se encargaba históricamente de la intendencia en el Monasterio de Silos.
Cillar de Silos cuenta con una bodega subterránea que data de finales del S. XVII donde elaboran Cillar de Silos Crianza, Tempranillo, Rosado de Silos Torre de Silo, Flor de Silos o Cillar Blanco.